El ex número dos de Interior con el PP, Francisco Martínez, perdió su cargo en el organigrama del Gobierno el mismo día que Rajoy anunció su nuevo gabinete, el 3 de noviembre de 2016. Este cambio de estatus provocó comentarios en privado con sus amigos y periodistas, según sus conversaciones de WhatsApp incorporadas al sumario del caso Kitchen.

Martínez se apresura a recolocarse para mantener su influencia más allá de recuperar su plaza de letrado en las Cortes. Para ello recurre a lo único que le queda: su cargo como diputado gracias a haber concurrido a las elecciones de junio como número 15 en las listas del PP por Madrid.

Sin embargo, para el ya prácticamente ex secretario de Estado, el 15 era una "mierda de puesto en la lista". Así lo definió en su conversación con el policía Pedro Agudo aquel 3 de noviembre, en la que le comentaba que cuando le colocaron en ese número le dijeron que Rajoy tenía otra cosa pensada para él (que interpretó como el puesto de ministro del Interior):

En esta conversación se observa que la preocupación de Martínez ya ha cambiado. No busca un puesto en la estructura del Gobierno, sino una posición relevante en el Congreso: "De diputado del montón no me voy a quedar". Pero también quiere protegerse de las nefastas consecuencias que podría tener para él una eventual investigación en profundidad sobre las actividades del comisario José Manuel Villarejo. El policía se encontraba en ese momento imputado en la pieza separada del caso del Pequeño Nicolás que investigaba una grabación ilegal a agentes del CNI.

A partir de este momento, los esfuerzos de Martínez se centrarán en controlar la documentación y el discurso del Ministerio del Interior y del partido en las dos comisiones de investigación que se habían abierto en aquellos momentos sobre el exministro Jorge Fernández Díaz y la policía política.

En esas comisiones, una en el Parlament de Catalunya y otra en el Congreso de los Diputados, Martínez se jugaba mucho, sobre todo si afloraba la naturaleza de su relación con el comisario Villarejo, ya que en ellas se iba a investigar "la utilización partidista en el Ministerio del Interior, bajo el mandato del ministro Fernández Díaz [con Martínez de número 2 y su amigo Villarejo y policías afines de colaboradores], de los efectivos, medios y recursos del Departamento y de las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado con fines políticos".

Por ello, recurrió a su sucesor en la Secretaría de Estado de Seguridad, José Antonio Nieto, que llegó al cargo el 18 de noviembre. La comisión que más interesaba al recién cesado era la del Congreso, que se había aprobado unas semanas antes, el 27 de septiembre.

A medida que se acercaba la fecha de inicio de la comisión, prevista para el 9 de marzo, Martínez inicia una serie de conversaciones con Nieto en las que le avisa veladamente sobre lo que alguien podría decir en esas comisiones sobre la Operación Cataluña y le transmite un mensaje claro: mejor con él que contra él.

A unos días del comienzo de la comisión, y después de que Público desvelase audios de conversaciones entre la expareja de Jordi Pujol Ferrusola, Victoria Álvarez, y Villarejo, Martínez escribe a Nieto para advertirle de que una persona está "inquieta":

Este intercambio de mensajes se produce el 18 de febrero de 2017. Unos días antes, el 9, Francisco Martínez había enviado un único mensaje de WhatsApp a Nieto con una noticia de El Mundo que hablaba de que la Policía había encontrado un pendrive sobre los Pujol ordenando cajones y se lo había dado al juez.

La referencia a Victoria Álvarez de forma velada se repite el 26 de febrero de 2017 y Martínez se refiere a ella como "la chica esa":

Los mensajes reflejan que Martínez envía recados de terceros al secretario de Estado y que provienen de Villarejo y su entorno. Pero no es el único recado que ese 26 de febrero le llega a Nieto de Villarejo. Ese día, la agenda del comisario (su guía de audios) refleja un apunte en el que recoge que el entonces director del Centro de Inteligencia contra el Terrorismo y el Crimen Organizado (CITCO), José Luis Olivera, había hablado con Nieto sobre las exigencias de Villarejo para jubilarse.

El principal protagonista de la macrocausa Tándem venía exigiendo a unos y otros el título de comisario honorario para, por un lado, seguir vendiendo que mantenía su influencia en Interior y, por otro, como una especie de "aval" del Ministerio a su trayectoria. Sin embargo, como ya informó Público, el comisario no consiguió su objetivo.

El 22 de marzo, comienzan las primeras solicitudes de documentación en la Comisión de Investigación del Congreso. Martínez no forma parte de la comisión, de hecho es uno de los comparecientes previstos, pero en las conversaciones se percibe el control que tiene de lo que ocurre en el Congreso. Ese mismo día, informa a Nieto y le explica que el proceso se canalizará a través del secretario de Estado, pero que hay "un par de cosas" que "requieren algo más de imaginación":

Esos meses no son fáciles para Nieto. En abril, el PP decide aplicar sus estatutos y quita al secretario de Estado la presidencia del partido en Córdoba. Según las normas de los populares, los miembros del Ejecutivo no pueden ser presidentes provinciales del partido. En cuanto se conoce la noticia, Francisco Martínez, rápidamente escribe a su sucesor:

En sus palabras, Martínez agradece a Nieto su colaboración en la preparación de la comparecencia del exministro Jorge Fernández Díaz cinco días antes en la comisión del Congreso: "La comparecencia del ministro salió razonablemente bien como habrás visto en prensa. Muchísimas gracias por tu valiosísima ayuda".

Estos chats se producen días antes de que a Nieto le empiece a preocupar otra comparecencia: la suya propia. El 22 de abril se publica que un mes y medio antes, Nieto se había reunido con el hermano de Ignacio González poco después de que se conociera por la prensa que existía una investigación policial sobre el expresidente de la Comunidad de Madrid en relación con el caso Lezo. Esta publicación viene firmada por Daniel Montero, periodista del núcleo duro de Villarejo con quien Martínez tuvo una estrecha relación diaria desde 2012.

En los días siguientes, otros medios afines amplifican y mantienen la tensión informativa alrededor de Nieto recalcando su vinculación con Dolores de Cospedal, protagonista junto al equipo de Interior de Fernández Díaz y Francisco Martínez en la Operación Cataluña.

El PSOE solicitó una comisión de investigación para esclarecer qué había sucedido en esa reunión y Martínez, nuevamente, conversa con su sucesor para comentar el tema:

Martínez tranquiliza a su sucesor diciéndole que "estas tormentas pasan rápido", aconsejándole con estas palabras que aguante. Algo que él mismo hizo con la comisión del Congreso, que llegó a poder controlar, según se desprende de sus whatsapp el 7 de julio con el que fuera su jefe de gabinete cuando era secretario de Estado y que permanecía en el cargo con Nieto, Jorge Sanchís Bordetas.

Aparte de que Martínez atara todos los cabos para que la comisión se resolviera favorablemente para sus intereses, el ex secretario de Estado escribe a Sanchís también porque colabora con él para que todo se resuelva de la mejor manera posible. De hecho, el 22 de julio, con todo ya resuelto, le muestra su agradecimiento explícitamente:

Tres días después, poco antes del cierre de la comisión, debido a la incorporación de unos correos electrónicos en el caso Púnica, aparecen en los medios informaciones sobre una supuesta financiación ilegal del Partido Popular de Córdoba cuando Nieto lo presidía. A raíz de las noticias, Martínez reaparece para que Nieto sepa que está pendiente de él y que le apoya:

La siguiente conversación que tendrán ambos por WhatsApp será el día de los atentados de Barcelona de 2017. Unos minutos después de los atropellos, Martínez envía otro mensaje de "ánimo" a Nieto:

La relación con Nieto se mantuvo en los años siguientes entre palabras de apoyo y mensajes cariñosos que casi siempre se intercambian a raíz de titulares negativos en prensa o para conseguir información. Sin embargo, el día en que los tres magistrados de la Audiencia Nacional firman la sentencia que condenaba al Partido Popular como partícipe a título lucrativo en el caso Gürtel, 17 de mayo de 2018, Martínez escribe agradecido a Nieto porque ese día ha recibido una condecoración de Interior:

Una semana después, el PSOE registraría en el Congreso la moción de censura que expulsaría del Gobierno a Mariano Rajoy y a Nieto de la Secretaría de Estado de Seguridad. En febrero de 2019, el exalcalde de Córdoba se recoloca y se convierte en portavoz del PP en el Parlamento de Andalucía. Unos días más tarde, cuando la Audiencia Nacional cita como investigado en el caso Kitchen a Martínez, este escribe a Nieto al finalizar su declaración en el juicio del procés: