El CNI se funda en 2002, pero tiene como antecedentes a la Organización Contrasubversiva Nacional, y al Servicio Central de Documentación (el SECED), creado por Carrero Blanco para perseguir el movimiento antifranquista. 

Según contó el general José Antonio Sáenz de Santa María, entonces jefe del Estado Mayor de la Guardia Civil, el SECED fue responsable del terrorismo de extrema derecha durante el tardofranquismo.

Según su testimonio, los servicios secretos fundados por Carrero Blanco, eran conocedores e instigadores de organizaciones parapoliciales como el Batallón Vasco Español, los Guerrilleros de Cristo Rey o Antiterrorismo ETA. 

De hecho, el CESID tuvo que crear una unidad anti golpe que tuvo un papel importante en la neutralización de intentos golpistas como la Operación Galaxia de "Tejero/Ynestrillas" o la Conspiración golpista de La Coruña. 

Desde entonces ha habido intentos de democratizar los servicios de inteligencia, profesionalizarlos e introducir personal civil. 
Sin embargo, entre los más de 3.000 empleados del CNI sigue habiendo elementos de las Fuerzas Armadas en la cúpula. 

Sin ir más lejos, el que fuera director del CNI entre 2009 y 2019, Félix Sanz, era de hecho un general del Ejército. Sanz fue nombrado durante el Gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero, con el apoyo del Partido Popular, en sustitución del civil Alberto Saiz, contra el que se organizó un golpe interno dentro del CNI por el lobby de las Fuerzas Armadas. 

El portal corporativo del CNI dice textualmente que ‘Actúan siempre bajo la supervisión y el control de los poderes ejecutivo, legislativo y judicial’. Sin embargo, esto no siempre ha sido así y hay ejemplos de actuaciones de los servicios secretos que se escapan a los controles democráticos. 

El periodista de investigación especializado en los servicios secretos Fernando Rueda cuenta como la Casa Real se ha servido del CNI para proteger sus intereses particulares. 

Rueda explica como el rey Juan Carlos utilizó los servicios secretos para evitar que José María de Areilza disputara a Adolfo Suárez la presidencia del Gobierno.
También como en 1995, en el contexto de la investigación del caso Kio, el CNI presionó a Javier de la Rosa para que no mencionase al rey Juan Carlos durante el juicio de este escándalo económico. 

Y más recientemente, tal y como cuenta Rueda, el CNI montó un dispositivo de vigilancia de 24 horas a Corinna durante cuatro años para presuntamente proteger al rey emérito. De hecho, Villarejo llegó a acusar al ex director del CNI, Félix Sanz, de estar detrás de las amenazas de muerte a Corinna. 

La actual directora del CNI, que comparecerá esta semana en la Comisión de Secretos Oficiales del Congreso para rendir cuentas sobre el caso Pegasus, es Paz Esteban López. Esteban es una funcionaria de carrera que ha ocupado altos cargos dentro de los servicios secretos durante los últimos 30 años. Su responsabilidad en el caso Pegasus sería limitada y muchas de las decisiones respecto al sistema de espionaje habrían sido tomadas durante la dirección de Sanz Roldán. 

A pesar de que Moncloa quiera limitar la contención de daños de Pegasus a la directora del CNI, lo cierto es que el CNI depende en última instancia del Ministerio de Defensa. Es decir, de Margarita Robles, que es la última responsable de los servicios de inteligencia y la seguridad del Estado.
No es un detalle menor, que Margarita Robles, en un intento de controlar al CNI desde dentro, nombrara a un alto cargo del CNI, Esperanza Casteleiro, primero como directora de gabinete y después como secretaria de Estado del Ministerio de Defensa. 

Además, como contábamos en programas anteriores, Margarita Robles ha sido acusada de estar detrás del ‘informe Véritas’ que buscaba acabar con la carrera política de Baltasar Garzón; de utilizar fondos reservados para financiar a la Casa Real; y más recientemente ha cerrado filas con Felipe González cuando este fue requerido a rendir cuentas por la organización de los GAL. Esto puede que explique por qué Robles es la Ministra del PSOE mejor valorada por la derecha y la ultraderecha.

Precisamente durante los Gobiernos de Felipe González, Narcís Serra, como ministro de defensa apuntaló la posición del gobierno a favor de la OTAN después del no del PSOE. 

Por los ministerios de interior de Felipe González pasaron también:
José Barrionuevo: militante tradicionalista en su época universitaria y condenado por el Tribunal Supremo por la organización de los GAL o José Luis Corcuera: Responsable de la llamada ley Corcuera o ley de patada en la puerta, que permitía a las fuerzas de seguridad acceder a domicilios privados sin orden judicial.

Recordemos que José Bono, el ministro socialista más querido por la derecha después de Margarita Robles, fue ministro de Defensa con Zapatero. Pero ahora Sánchez además de contar con Margarita Robles al frente de Defensa, colocó en interior a Fernando Grande-Marlaska, que estuvo en el Consejo General del Poder Judicial a propuesta del PP, y que ha intensificado la política migratoria en la frontera Sur, amparando entre otras cosas las devoluciones en caliente, incluso de menores, durante la crisis de Ceuta.