Com Artur Mas, Joana Ortega i Irene Rigau, Francesc Homs també ha estat condemnat per la seva implicació en l'organització de la consulta del 9 de novembre de 2014. Qui era aleshores el conseller de Presidència de la Generalitat, i actualment és diputat del PDECat al Congrés, ha estat condemnat pel Tribunal Suprem a un any i un mes d'inhabilitació i a pagar una multa de 30.000 euros per haver comès, segons la sentència, un delicte de desobediència al Tribunal Constitucional (TC).

L'exconseller estava acusat també d'un delicte de prevaricació, però com ja va passar amb Mas, Ortega i Rigau finalment només se l'ha condemnat pel desobediència i a una pena molt inferior als nou anys d'inhabilitació que demanava la Fiscalia. A més a més, la inhabilitació pel diputat del PDECat és més baixa que la de Mas -dos anys-, Ortega -un any i nou mesos- i Rigau -un any i mig. Els tres van ser jutjats al Tribunal Superior de Justícia de Catalunya (TSJC), mentre que Homs ha estat jutjat al Suprem per la seva condició d'aforat en ser diputat al Congrés.

Durant el judici, Homs va admetre la seva implicació en la consulta del 9-N, però va negar que hagués desobeït la resolució del TC, ja que segons ell "no hi havia forma humana" de conèixer l'abast de la "inconcreta" providència que va enviar el tribunal cinc dies abans de la celebració del procés participatiu. Pel fiscal Jaime Moreno, en canvi, Homs va «imposar la seva pròpia voluntat per sobre de la Constitució» i va fer un «pols a l'estat de dret», sense voler «entendre» la suspensió dictada pel TC.