L'expresident espanyol Mariano Rajoy no només estava al corrent de l'Operació Catalunya, sinó que el seu govern va utilitzar la cúpula policial del Ministeri de l'Interior, aleshores controlada per Jorge Fernández Díaz, per investigar al marge de la llei partits independentistes durant almenys cinc anys, des de la Diada massiva del 2012 i fins al 2016, abans de l'1-O. Així ho revela una investigació conjunta de La Vanguardia, ElDiario.es i El Nacional.

Els rotatius han aportat nous documents, declaracions i àudios que han assenyalat que el llavors ministre de l'Interior, Jorge Fernández Díaz, dirigia l'Operació Catalunya i feia arribar a la Moncloa -a Mariano Rajoy- documentació delicada a través d'escortes. Aquest material es posava en sobres en blanc, tancats, sense assumpte, ni remitent ni destinatari. Són documents relacionats amb l'atribució a Artur Mas de comptes a Liechtenstein; els comptes a Andorra de la família Pujol o el cas de l'informe fals sobre els comptes de Xavier Trias a Suïssa.

Segons la investigació d'aquests tres mitjans, tot plegat comptava amb la complicitat i l'ajuda dels principals caps de la policia espanyola, com el Director Adjunt Operatiu, Eugenio Pino, que era l'interlocutor directe del ministre. A més, com ja se sabia, l'exministre de l'Interior va tenir un paper molt destacat perquè havia exigit estar sempre informat de tots els moviments que feia la cúpula policial i judicial. De fet, els informes arribaven amb regularitat al seu despatx, i el ministre considerava l'assumpte del màxim interès.

El ministre d'Hisenda, Cristóbal Montoro, també al corrent

La investigació també revela la implicació de Daniel de Alfonso, que llavors era director de l'Oficina Antifrau de Catalunya. Des d'aquesta posició es va encarregar de recopilar tota mena la informació sobre l'independentisme que traslladava al ministeri perquè el govern espanyol la pogués utilitzar a l'hora de perjudicar els líders sobiranistes. També revela la implicació del ministre d'Hisenda, Cristóbal Montoro, que es va mostrar "molt actiu" en tot allò que tenia a veure amb la investigació a dirigents nacionalistes.

Tota la informació contra els líders independentistes es recopilava sense cap autorització judicial i s'actuava contra persones i institucions sense tenir cap indici delictiu, per un interès polític i fora de la llei. D'acord amb la investigació periodística, Fernández Díaz va encarregar al seu cap de gabinet, Francisco Martínez, fer d'enllaç amb l'excomissari José Manuel Villarejo per recopilar aquesta informació. 

Els mitjans han detallat que aquests escrits eren un resum d'informes anònims elaborats per agents de la policia espanyola que es van fer arribar a la premsa en pàgines sense cap mena de capçalera ni signatura i en què es feia esment a suposades il·legalitats de dirigents nacionalistes catalans o de persones del seu entorn. Entre aquests documents figurava una sèrie de cinc sobre el cas del Palau de la Música.